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Waldökologische Forschung hat viele Gesichter: Artenvielfalt, Genetik, Wasserkreislauf oder Nährstofffluss. Vom einzelnen Baum bis hin zur gesamten Landschaft müssen dabei Daten gesammelt werden, um zu verstehen, was im Nationalpark Bayerischer Wald passiert. Vieles lässt sich dabei nur interpretieren, wenn man den Park in ein globales Muster an wissenschaftlichen Befunden einbettet. Daher arbeiten die Forscher des Nationalparks mit vielen Institutionen in Bayern, Deutschland, Europa und auf der ganzen Welt zusammen.

Im Kern der Forschung steht die langfristige Beobachtung der natürlichen Entwicklungen im Nationalpark sowie der Reaktionen dieses Ökosystems auf menschliche Einflüsse. In der Randzone mit dauerhaftem Waldmanagement, etwa zur Borkenkäferbekämpfung, werden ergänzend Naturschutzexperimente zur Renaturierung von Wäldern unter wissenschaftlicher Begleitung durchgeführt. Damit soll Arten geholfen werden, die an den Rand des Aussterbens gedrängt wurden - ein Auftrag aus der Nationalparkverordnung.

Die gemeinsamen wissenschaftlichen Publikationen finden sich in den führenden Fachzeitschriften von Ökologie und Naturschutz. Damit hat der Nationalpark Bayerischer Wald einen festen Namen in der internationalen Wissenschaft bekommen. Führende Experten kommen inzwischen in den Bayerischen Wald, um mit dem örtlichen Team Erfahrungen auszutauschen.

Viele Forschungs- und Naturschutzprojekte können nur umgesetzt werden, indem zusätzliche Drittmittel, zum Beispiel der Deutschen Forschungsgemeinschaft, der Bundesstiftung Umwelt oder aus EU-Programmen, beschafft werden. Damit fließen Gelder und Know-how in die Bayerwald-Region. Viele junge Forscher haben ihre ersten Schritte im Nationalpark gemacht. Heute arbeiten sie über den ganzen Globus verstreut, sind dem Nationalpark aber weiter verbunden.